Перед тем, как выгружать каталог, удостоверьтесь, что структура каталога в Б24 и в Мой Склад одинакова. Проверьте также соответствие артикулов товаров (если проигнорировать данный момент, после выгрузки каталога могут появиться дубли).
Выгружать каталог можно в обоих направлениях - из Битрикс 24 в МойСклад. Опыт поддержки работы интеграционных модулей, позволяет нам рекомендовать пользователям вести учет на стороне МС. Как долго будут выгружаться товары из каталога зависит от их количества. Когда последний товар успешно перенесен, система проинформирует пользователя сообщением. При этом в каталоге будет отображаться тайм-код последней проведенной синхронизации.